抗酸菌の質量分析について

髙橋投稿日：2021年12月15日 19:01 No.41

大楠先生

大変お世話になっております。
ご回答ありがとうございます。大変参考になりました。

度々申し訳ございません。
抗酸菌の質量分析による同定ですが、細胞の蛋白質にアクセスするという観点では、推奨される前処理を行わずに行なったものはスコアの良悪しに関わらず報告されるべきではないですか。
当院で検証したのですが、ギ酸処理のみのものと、エタノールやシリカビーズによる前処理を行ったもので大きな違いがみられませんでした。

宜しくお願い致します。

大楠清文投稿日：2021年12月16日 08:57 No.42

抗酸菌の質量分析による同定は「抗酸菌検査ガイド2020」に記載されている前処理法すなわちブルカー社やビオメリュー社が推奨している前処理で実施することが前提となっています。データベースの構築も推奨の前処理で実施されていますので、推奨の処理法を遵守しないで同定を実施した際に、スコア値が低い場合には、信頼性がないものと判断して、再度、推奨された前処理法で同定を行う必要があります。一方、スコア値が高く菌種レベルで同定できると判断された場合は、これまでに検討された菌種やデータ等を参考にして、報告されても結構かと思います。

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